Хотя фактическое распределение в широком плане следует международным нормам, которые предусматривают распределение национальных общественных благ и задач на центральном уровне, а региональных и местных общественных благ на их соответствующих уровнях (Таблица 1), отсутствие прозрачной и последовательной правовой базы оказало сильное отрицательное влияние на работу системы, а возникшие вследствие этого неясности в распределении подорвали подотчетность на разных уровнях государственного управления. Самый важный источник неоднозначности по-прежнему заключается в распределении ответственности по регулированию и нормированию. В частности, роль отраслевых министерств, а также центральных и федеральных ведомств не была должным образом прояснена или адаптирована к нуждам децентрализованной системы управления. Это привело к тому, что центральные ведомства продолжают регулировать и выпускать декларативные нормы, которые непосредственно влияют на положение с расходами субнациональных бюджетов. Нечеткое разделение ответственности за регулирование, финансирование и выполнение правил в случаях параллельной ответственности, в частности, за социальные расходы, и отсутствие эффективных институтов координации привели к широкому распространению непрофинансированных поручений, требований о расходах, которые перекладываются на субнациональные бюджеты при отсутствии адекватного федерального финансирования. Такие поручения без финансирования служили для того, чтобы ограничивать действительную бюджетную автономию субнациональных органов управления, и возлагали дополнительные требования на их и так урезанные бюджеты. В дополнение к этому субнациональные органы управления медленно освобождали свои бюджеты от вмешательства в частный рынок, предоставляя субсидии на жилье и коммунальные услуги, в том числе государственным коммунальным предприятиям, которые составляли большую долю их расходов. Проблема нечеткого распределения расходов была особенно острой на уровне региональных, местных бюджетов, причем региональные органы пользовались большой свободой действий в отношении ассигнований подчиненным им местным органам управления.[32]
Величина ФФПР в 1994 г. определялась в размере 22% НДС (кроме НДС по импортным товарам), в 1995 г. - 27%, в 1996 г. законом "О федеральном бюджете" было установлено, что фонд формируется за счет 15% (с 1998 г. - 14%) налоговых поступлений в федеральный бюджет за исключением ввозных таможенных пошлин и подоходного налога с физических лиц (до 1997 г. 10% подоходного налога с физических лиц подлежало зачислению в федеральный бюджет).
Допустим, в федеральный бюджет поступило лишь 75% законодательно установленных средств, соответственно каждый субъект Федерации в лучшем случае получит 75% установленного ему уровня. Иными словами, факт законодательного внесения субъекта в число получателей средств ФФПР не означает, что он реально их получит. В 1994-1997 гг. доли субъектов Федерации в ФФПР регулярно не соблюдались. Поэтому руководители региональных финансовых органов вынуждены проводить в Москве даже больше времени, чем на местах, выбивая очередную порцию финансовой поддержки. Так обстоят дела с самой прозрачной частью межбюджетных отношений (ФФПР), еще хуже - со скрытыми от посторонних глаз взаимными расчетами, бюджетными ссудами (фактически превратившимися в дополнительные дотации), средствами внебюджетных фондов (которые формально не относятся к межбюджетным отношениям, но на практике используются для балансирования региональных бюджетов).