Принципами бюджетной системы являются ее основополагающие начала и правила: единства, полноты, реальности, гласности и самостоятельности всех бюджетов, входящих в бюджетную систему.
Единство бюджетной системы обеспечивается единой правовой базой, использованием единых бюджетных классификаций, единством формы бюджетной документации, предоставлением необходимой статистической и бюджетной информации с одного уровня бюджета на другой для составления консолидированных бюджетов, согласованными принципами бюджетного процесса, единством денежной системы. Помимо этого. Принцип единства бюджетной системы основывается на взаимодействии бюджетов всех уровней, осуществляемом через использование регулирующих доходных источников, создание целевых и региональных бюджетных фондов, их частичное перераспределение. Механизмом реализации принципа единства бюджетной системы является единая социально-экономическая, включая налоговую, политика.
Самостоятельность бюджетов обеспечивается наличием собственных источников доходов и правом определять направления их использования и расходования. К собственным источникам доходов бюджетов относятся: закрепленные законом доходные источники для каждого уровня бюджета; отчисления по регулирующим доходным источникам; дополнительные источники, устанавливаемые самостоятельно представительными органами власти субъектов и местными органами власти.
Решения представительных органов власти по бюджетным вопросам подлежат опубликованию в средствах массовой информации в сроки, установленные соответствующим представительным органом власти, или доводятся до сведения населения иным способом исходя из возможностей соответствующего представительного органа власти. В случае принятия решения об отклонении проекта бюджета или о неутверждении отчетов об исполнении бюджета и использовании средств внебюджетных и валютного фондов в средствах массовой информации должны быть опубликованы необходимые сведения о причинах принятия такого решения.
Указанные принципы бюджетного устройства могут быть защищены в судебном порядке - через арбитражный суд.