Сбалансированность бюджетов всех уровней является необходимым условием бюджетно-финансовой политики. Превышение расходов над доходами составляет дефицит бюджета. При наличии дефицита бюджета первоочередному финансированию подлежат расходы, включаемые в бюджет текущих расходов. В целях сбалансированности бюджета могут устанавливаться предельные размеры дефицита бюджета. Если в процессе исполнения бюджета происходит превышение предельного уровня дефицита или значительное снижение поступлений доходных источников бюджета, то вводится механизм секвестра расходов, который заключается в пропорциональном снижении государственных расходов (на 5, 10, 15 и так далее процентов) ежемесячно по всем статьям бюджета в течение оставшегося времени текущего финансового года. Секвестру не подлежат защищенные статьи.
Состав защищенных статей определяется Федеральным Собранием РФ, а также представительными органами власти субъектов РФ в рамках их компетенции. Покрытие дефицита бюджета развития осуществляется также за счет выпуска государственных займов или использования кредитных ресурсов.