Не в полной мере были обоснованы и закреплены расходные полномочия для каждого уровня бюджетной системы. Не было учета институциональных реформ как фактора сокращения бюджетных расходов. Оставались нерешенными вопросы усиления заинтересованности региональных органов государственной власти и органов местного самоуправления в увеличении налогового потенциала и росте собственных бюджетных доходов. Не была сформирована нормативная база для обоснования потребностей в бюджетных расходах. Все это не способствовало сокращению дотационности бюджетов субъектов Федерации, снижению объема встречных финансовых потоков. Большое влияние на обострение противоречий между федеральными и региональными органами государственной власти, а последних с органами местного самоуправления, оказывало принятие законов без определения источников финансирования. Скорее обострило, чем смягчило последнюю ситуацию принятие в сентябре 1997 г. федерального закона «О финансовых основах местного самоуправления в Российской Федерации».
Основой для проведения последующих шагов по реформированию финансовых взаимоотношений органов государственной власти разных уровней и органов местного самоуправления стала принятая летом 1998 г. Правительством Российской Федерации «Концепция реформирования межбюджетных отношений в Российской Федерации в 1999-2001 гг.» (постановление от 30 июля 1998 г. № 862), ставшей фактически первой среднесрочной программой действий в этой области.
Основными направлениями реформы в соответствии с этой концепцией являются разграничение расходных полномочий и ответственности между органами власти и управления разных уровней, разграничение доходных источников между уровнями бюджетной системы страны, преобразование Фонда финансовой поддержки субъектов Российской Федерации, инвестиционная поддержка развития регионов и др.
В рамках этих направлений усилия должны быть направлены на стимулирование повышения доходов и сокращения расходов региональных и местных бюджетов (в том числе за счет формирования унифицированных механизмов межбюджетных отношений, четкого законодательного закрепления бюджетных полномочий и ответственности властей разных уровней, расширения налоговых полномочий субъектов Федерации и муниципальных образований), внедрение принципа обусловленности предоставления финансовой помощи, разделение финансовой поддержки регионов и муниципальных образований на инвестиционную и текущую с выделением средств Фонда развития региональных финансов, повышение взаимной ответственности участников межбюджетных отношений за соблюдение своих финансовых обязательств.
План-график мер по реализации концепции, логично соединяющий в едином документе вопросы организации работ по осуществлению реформы, разработке методологической основы реформы и осуществлению реформирования законодательной базы межбюджетных отношений, был утвержден Правительством Российской Федерации в декабре 1998 г. (распоряжение от 4 декабря 1998 г. № 1718-р). К сожалению, практическая реализация Концепции реформирования межбюджетных отношений началась в сложных условиях, когда после финансового кризиса августа 1998 г. в стране произошел целый ряд дефолтов по обслуживанию внутреннего и внешнего долга субъектов Федерации и муниципальных образований. В результате этого создался определенный дисбаланс между усилиями по финансовому оздоровлению и реформированию, осуществляемыми на федеральном уровне и на уровне субъектов Федерации, ставя под угрозу макроэкономическую стабильность в России и оказывая негативное влияние на экономическое развитие страны. Кроме этого, во многих случаях достигнутые положительные результаты реформирования финансовой системы на федеральном уровне были утеряны в результате увеличения субсидий, направляемых в жилищный сектор и предприятиям из региональных и местных бюджетов.