Несмотря на определенные сложности, реформы, проведенные в 1998–2000 гг., значительно продвинули бюджетное устройство страны в сторону построения основ бюджетного федерализма. Этому же способствовало принятие и вступление в силу Налогового и Бюджетного кодексов Российской Федерации.
В 1999 г., в частности, начался переход к новой методике распределения финансовой помощи регионам из федерального бюджета (трансфертов из Фонда финансовой поддержки регионов), ориентированной на более адекватное решение главной задачи межбюджетного выравнивания – достижение социальной (в данном случае, территориальной) справедливости, но не препятствующей повышению экономической эффективности, бюджетной ответственности и политической консолидации общества. В федеральном бюджете на 2001 г. создан также специальный Фонд компенсаций, направленный на целевое финансирование некоторых "федеральных мандатов" – обязательств, налагаемых федеральным законодательством на региональные и местные бюджеты.
Министерством финансов Российской Федерации были осуществлены работы по инвентаризации расходных обязательств федерального, региональных и местных бюджетов с выделением нефинансируемых «мандатов», разработке новой методики распределения средств Фонда финансовой поддержки регионов, подготовлены законопроекты по сокращению расходных обязательств территориальных бюджетов, а также некоторые поправки к Бюджетному кодексу Российской Федерации.
Намечаются новые «контуры» Фонда регионального развития. Средства этого фонда, выполняющего функцию "аккумуляции" инвестиционной составляющей финансовой помощи регионам, направляются на финансирование федеральных программ развития регионов, а также дополнительную финансовую помощь высокодотационным субъектам Федерации. Фактически данный фонд должен в будущем стать альтернативой использовавшейся во второй половине 1990-х гг. практике финансирования инвестиционных проектов через федеральные целевые программы, в том числе программы социально-экономического развития регионов. В 2002 г. Правительство Российской Федерации намечает сократить число последних до пяти (вместо почти полусотни существовавших). В этом отношении Фонд развития региональных финансов выполняет роль «стимулирующей составляющей» финансовой помощи, направляемой из федерального бюджета в регионы.
Наконец, в федеральном бюджете на 2001 г. создан Фонд развития региональных финансов, средства которого будут распределяться между субъектами Федерации, проводящими реформы в сфере управления региональными бюджетами, на конкурсной основе.
В рамках реализации программы реформирования межбюджетных отношений и региональных финансов Правительство Российской Федерации обратилось к Международному банку реконструкции и развития (МБРР) с просьбой выделить финансовые средства на поддержку правовой реформы в сфере межбюджетных отношений, создание механизма финансового стимулирования субъектов Федерации и муниципальных образований с целью повышения качества исполнения федерального законодательства, развитие институциональных возможностей, связанных с разработкой, реализацией и контролем за ходом осуществления финансовой реформы на региональном уровне.
В декабре 1999 г. Совет директоров МБРР принял решение о предоставлении Российской Федерации займа на финансирование Проекта технического содействия реформе бюджетной системы на региональном уровне, являющегося составной частью программы поддержки реформирования межбюджетных отношений и региональных и местных финансов в России. Таким образом, вся программа реформирования региональных финансов состоит из двух взаимосвязанных частей. Проект технического содействия стал первым этапом большой программы, а уже второй этап будет включать в себя получение от МБРР собственно финансового займа (серии займов) под программы реформирования региональных финансов. Именно кредит МБРР определен в законе о федеральном бюджете на 2001 г. в качестве источника образования Фонда развития региональных финансов (ст. 48 закона).